Η Εθνική Στρατιωτική Αρχή Αξιοπλοΐας (ΕΣΑΑ) συστάθηκε με το άρθρο 39 του ν.4609/2019 (Α’67) ως ανεξάρτητη οργανωτική μονάδα στο Γενικό Επιτελείο Εθνικής Άμυνας (ΓΕΕΘΑ).
Για την εφαρμογή του άρθρου αυτού, κατ’ εξουσιοδότηση της παρ. 5 του άρθρου 48 του ιδίου νόμου, εκδόθηκε το π.δ.85/2020 (Α’198).